Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.

Слайд 1Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.Описание слайда:

ЛЕКЦИЯ № 4 Общая вирусология. Современные принципы классификации и номенклатура вирусов. Морфология и структура вириона. Формы и этапы взаимодействия вирусов с клеткой человека и животных. Репродукция вирусов. Методы диагностики вирусных инфекций. Бактериофаги. Морфологические и структурные особенности фагов. Фазы взаимодействия фага с бактериальной клеткой. Применение фагов в микробиологии и медицине.

Слайд 2Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.Описание слайда:

Определение Вирусы – это автономные генетические структуры, способные функционировать и репродуцироваться в восприимчивых к ним клетках животных, растений, простейших, грибов и бактерий

Слайд 3Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.Слайд 4Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.Слайд 5Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.Описание слайда:

Структура вируса По форме вирусы подразделяют на четыре группы: 1). Сферические (вирус гриппа, кори и др.). 2). Палочковидные(ВМТ). 3). Кубоидальные (вирус оспы, аденовирусы). 4). Спермотозоидные (вирусы бактерий – фаги).

Слайд 6Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.Слайд 7Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.Слайд 8Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.Слайд 9Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.Слайд 10Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.Слайд 11Описание слайда:

Основные критерии для классификации вирусов В основу современной классификации вирусов положены следующие основные критерии: 1.Тип нуклеиновой кислоты 2.Наличие липопротеидной оболочки 3.Размер и морфология вириона, тип симметрии, число капсомеров 4.Круг восприимчивых хозяев 5.Патогенность 6.

Географическое распространение 7.Способ передачи 8.Антигенные свойства Вирусы делятся на семейства, подсемейства, роды и типы. Семейство – viridae, подсемейство – virinae, род – virus.

Современная классификация вирусов человека и животных распределяет на 19 семейств, из них 7 – ДНК содержащие и 12 – РНК содержащие вирусы.

Слайд 12Слайд 13Слайд 14Описание слайда:

Три типа взаимодействия вируса с клеткой Продуктивный тип, при котором образуются новые вирионы, по различному выходящие из клетки при её лизисе, т.е.

«взрывным» механизмом (безоболочечные вирусы); путем «почкования» через мембраны клеток (оболочечные вирусы), в результате экзоцитоза Абортивный тип, характеризующийся прерыванием инфекционного процесса в клетке, поэтому новые вирионы не образуются Интегративный тип,или вирогения, заключающийся в интеграции, т.е. в встраивании ДНК или РНК в виде провируса в хромосому клетки и их совместном существовании (совместная репликация))

Слайд 15Описание слайда:

Стадии репродукции вирусов 1 стадия 2 стадия 3 стадия 4 стадия 5 стадия 6 стадия

Слайд 16Слайд 17Слайд 18Описание слайда:

Схема репродукции минус однонитевых РНК вирусов

Слайд 19Слайд 20Описание слайда:

Схема репродукции вируса иммунодефицита человека ВИЧ

Слайд 21Описание слайда:

Культивирование вирусов

Слайд 22Слайд 23Описание слайда:

Бактериофаги

Слайд 24Слайд 25Слайд 26Слайд 27Слайд 28Слайд 29Описание слайда:

Пути развития умеренного фага

Слайд 30Слайд 31

Просмотр книги "Ветеринарная вирусология

Название: Ветеринарная вирусология — Барышников П.И.Жанр: БиологияРейтинг: Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.Просмотров: 2714 Классификация вирусов. Современная номенклатура в вирусологии.

Вирусы были открыты в конце прошлого столетия на основе
измерения единственной физико-химической характеристики – фильтруемости. Именно
это свойство первоначально использо- валось для их классификации в качестве
отдельной группы мик- роорганизмов. С ростом числа обнаруженных вирусов были
предприняты первые попытки классификации внутри этой са- мостоятельной группы.
В качестве критериев использовали сходство их патогенных свойств,
органотропность, общность экологического статуса. Кроме того, одна из первых
классифи- каций состояла в разделении вирусов по принципу поражения
определённых хозяев, а именно: на вирусы бактерий, насеко- мых, растений,
животных и человека. При этом происходило объединение весьма различающихся, как
было выяснено впо- следствии, групп вирусов. Групповые названия первых класси-
фикаций вирусов до сих пор   используются в вирусологии, но они не
признаны официальной классификацией и номенклату- рой, хотя нередко применяются
в клинических, эпизоотологиче- ских и диагностических контекстах.
К началу 50-х годов появилось множество различных клас-
сификационных схем, часто оказывающихся взаимоисключаю- щими. По этой причине в
1966 г. на Международном микробио- логическом конгрессе в Москве был учреждён
Международный комитет по номенклатуре вирусов, который в 1973 г. был пере-
именован в Международный комитет по таксономии вирусов. Им опубликовано шесть
докладов, где изложена современная универсальная система классификации и
номенклатуры виру- сов.
Современная универсальная система использует иерархиче- ские
уровни (таксоны), соответствующие порядку, семейству, подсемейству, роду и
виду. Номенклатура по традиции состоит в том, что за словом «вирус» стоит
название болезни основно- го хозяина, например, вирус чумы крупного рогатого
скота.

  • Название порядка оканчивается на «… virales», семейства – на
  • «… viridae», подсемейства – на «… virinae», рода – на «…
    virus».
  • В качестве примера приводится полная таксономия вируса
    вакцины: семейство Poxviridae, подсемейство Chordopoxvirinae, род
    Orthopoxvirus.
  • Правила номенклатуры вирусов дают определение виду, роду и
    семейству.
  • Вид вируса – класс вирусов, характеризующийся большим числом
    критериев, образующий реплицирующуюся линию и занимающий особую экологическую
    нишу.

Род – это группа видов с определёнными общими характери-
стиками, отличающимися от вирусов других родов. Критерии для выделения родов
включают в себя: феномены генетических взаимодействий, круг восприимчивых
хозяев, патогенность, гео- графическое распространение, способ передачи,
антигенные свойства.
Семейство – это группа родов с общими характеристиками,
отличающимися от вирусов других семейств. Критерии, исполь- зуемые для деления
на семейства, включают в себя фундамен- тальные свойства вирионов: тип и
структуру нуклеиновой ки- слоты, наличие липопротеиновой оболочки, стратегию
вирусно- го генома, размер и морфологию вирионов.

  1. Приводимый ниже материал представляет собой классифи- кацию
    и краткое описание 30 вирусов, изучение которых преду- смотрено программой по
    ветеринарной вирусологии для выс- ших сельскохозяйственных учебных заведений по
    специально- сти 111201 – «Ветеринария».
  2. Классификация вирусов позвоночных
  3. Таблица
№ п/п Название воз- будителя Таксономия Характеристика Патогенность
семейство, подсемейство род
1 2 3 4 5 6
1 Вирус оспы коров Poxviridae, Chordopoxvirinae Orthopoxvirus
  • дс линейная ДНК,
  • оболочечный, овоид- ной формы, 250-
  • 450х140-260 нм
Крупный рогатый скот, буйволы, чело- век
2 Вирус оспы кур То же Avipoxvirus То же Куры, голуби, кана- рейки и др.
3 Вирус афри- канской чумы свиней Asfarviridae Asfarvirus дс линейная ДНК, оболочечный, сфера, икосаэдр, 70-100 нм Свиньи, клещи рода Ornithodoros
4 Вирус болезни Ауески Herpesviridae, Alphaherpesviri- nae Varicellovirus дс линейная ДНК, оболочечный, икоса- эдр, 100-180 нм С.-х. животные, пуш- ные звери, дикие плотоядные, грызуны
5 Вирус инфек- ционного ри- нотрахеита крупного рогатого скота То же То же То же Крупный рогатый скот
6 Вирус риноп- невмонии ло- шадей То же То же То же Лошади, ослы, мулы, пони

Продолжение табл.

1 2 3 4 5 6
7 Вирус болезни Марека То же Не классифи- цирован внут- ри подсемей- ства То же Куры, индейки, пере- пела, фазаны, утки, лебеди, куропатки
8 Вирус инфек- ционного ла- ринготрахеита птиц То же То же То же Куры, фазаны, ин- дейки
9
  1. Вирус злокаче-
  2. ственной ката- ральной горяч-
  3. ки крупного
  4. рогатого кота
Herpesviridae, Gammaherpes- virinae Phadinovirus То же Крупный рогатый скот, мулы, бизоны
10 Возбудитель аденовирусной инфекции крупного рога- того скота Adenoviridae Mastadenovirus дс линейная ДНК, безоболочечный, икосаэдр, 70-90 нм Крупный рогатый скот
11 Возбудитель аденовирусной инфекции кур То же Aviadenovirus То же Куры, утки

Продолжение табл.

1 2 3 4 5 6
12
  • Возбудитель
  • парвовирусной
  • инфекции сви-
  • ней
Parvoviridae, Parvovirinae Parvovirus ос линейная ДНК, безоболочечный, икосаэдр, 18-22 нм Свиньи
13
  1. Возбудитель
  2. парвовирусной
  3. инфекции со-
  4. бак
То же То же То же Собаки, куницы, ено- товидные собаки
14
  • Вирус лейкоза
  • крупного рога-
  • того кота
Retroviridae Deltaretrovirus
  1. ос линейная РНК,
  2. оболочечный, сфера,
  3. 80-100 нм
  • Крупный рогатый
  • скот, овцы, зебу, буй-
  • волы
15 Вирус лейкоза птиц То же Alpharetrovirus То же Куры, гуси, голуби, индюки, попугаи и др.
16
  1. Вирус инфек-
  2. ционной ане-
  3. мии лошадей
То же Lentivirus То же Лошади, ослы, мулы
17
  • Вирус инфек-
  • ционной бур-
  • сальной болез-
  • ни птиц
Birnaviridae Avibirnavirus дс линейная РНК, безоболочечный, икосаэдр, 55-60 нм Куры, индюки
18
  1. Вирус пара-
  2. гриппа крупно-
  3. го рогатого
  4. скота
Paramyxoviridae, Paramyxovirinae Respirovirus ос линейная РНК, оболочечный, спи- раль, 150-300 нм Крупный рогатый скот

Продолжение табл.

1 2 3 4 5 6
19 Вирус чумы плотоядных То же Morbillivirus То же
  • Собаки, песцы, хорь-
  • ки, волки, лисицы,
  • шакалы, норки, собо-
  • ля и др.
20 Вирус чумы крупного рога- того скота То же То же То же
  1. Крупный рогатый
  2. скот, зебу, буйволы,
  3. яки, верблюды, овцы,
  4. козы
21 Вирус болезни Ньюкасла То же Rubulavirus То же
  • Куры, индейки, утки,
  • цесарки, голуби, во-
  • роны и др.
22 Вирус бешен- ства Rhabdoviridae Lyssavirus
  1. ос линейная РНК,
  2. – геном, оболочеч-
  3. ный, бациллярной
  4. формы, 100-430 х
  5. х 45-100 нм
Теплокровные жи- вотные, человек
23 Вирус гриппа птиц Orthomyxoviridae Influenzavirus A
  • ос линейная РНК,
  • – геном, оболочеч-
  • ный, сфера, 80-120 нм
Семейство куриных, утки, человек
24 Вирус гриппа лошадей То же То же То же Лошади, человек
25 Вирус ящура Picornaviridae Aphthovirus
  1. ос линейная РНК,
  2. + геном, безоболо-
  3. чечный, икосаэдр,
  4. 23-25 нм
Парнокопытные жи- вотные, человек

Окончание табл.

1 2 3 4 5 6
26 Вирус геморра- гической бо- лезни кроликов Caliciviridae Lagovirus
  • ос линейная РНК,
  • + геном, безоболо- чечный, икосаэдр,
  • 28-33 нм
Кролики
27 Вирус инфек- ционного брон- хита кур Coronaviridae Coronavirus ос линейная РНК, + геном, оболочеч- ный, плеоморфная форма, 60-160 нм Куры
28
  1. Вирус транс-
  2. миссивного гастроэнтерита
  3. свиней
То же То же То же Свиньи, собаки
29 Вирус класси- ческой чумы свиней Flaviviridae Pestivirus ос линейная РНК, + геном, оболочеч- ный, сфера, 40-60 нм Свиньи, кабаны
30 Вирус диареи крупного рога- того скота То же То же То же Крупный рогатый скот, буйволы, олени, косули
  • Примечание. дс – двуспиральная;
  • ос – односпиральная;
  • + – геном (позитивная или негативная полярность генома).
Читайте также:  Пропротен 100 - инструкция по применению, отзывы, аналоги и формы выпуска (капли, таблетки для рассасывания 3 мг) лекарственного препарата для лечения алкоголизма, похмелья и уменьшения тяги к алкоголю у взрослых, детей и при беременности

Добавление :

Классификация вирусов | справочник Пестициды.ru

Попытки классифицировать их предпринимались за долго до получения данных по морфологии, структуре и биохимического состава вирусов[2].

Одна из первых предложена в 1927 году Д. Джонсоном. При обозначении вирусов указывалось название растения-хозяина, добавляя слово «вирус» и порядковый номер обнаружения вируса на конкретном растении.

При такой классификации вирус табачной мозаики, получил название табачный вирус 1. Следующий вирус, обнаруженный на табаке, получил название табачный вирус 2.

При таком подходе в одну группу попадали абсолютные разные вирусы[1].

Одновременно предлагалось классифицировать вирусы по насекомым переносчикам. Но есть вирусы, переносимые многими переносчиками, а так же различные вирусы, переносимые одним и тем же переносчиков. Кроме того, существуют вирусы не имеющие переносчиков[1].

Классификация вирусов по симптомам болезней так же не явилась определяющей, поскольку существует множество болезней со сходными симптомами[1].

В 1935 году Стенли получил вирус в кристаллическом виде. Тут же было выдвинута идея систематизировать вирусы по их способности к кристаллизации (Кристаллобиотэ и Плазмобиотэ)[1].

В 1937 К. Смит предложил видоизменить систему Д. Джонсона. Вирус обозначался родовым названием растения с добавлением к нему слова «вирус» и соответствующей цифру, а для штамма еще и буквы. В данной системе вирус табачной мозаики получил наименование Nicotianavirus1[1].

Ф. Холмс (1939,1948) предложил биноминарную номенклатуру вирусов и обосновал принцип единой классификации всех вирусов. Он объединил вирусы в порядок Virales с тремя подпорядками: Phgineae (бактериофаги), Phytophagineae (вирусы растений), Zoophagineae (вирусы животных). Однако и данная классификация не учитывает все возможные свойства вирусов[1].

В 1966 году А.Е. Проценко предложил классифицировать фитопатогенные вирусы на основании строения и свойствах вирусных частиц (вирионов). По мере накопления сведений о вирусах, классификация на основании характеристики вирионов стала представляться самой объективной[1].

В 1971 году Б.Д. Харрисон предложил использовать для классификации вирусов около 50 признаков. На основании их сравнительного анализа фитовирусы были объединены в 26 групп[1].

В 1966 году на Международном микробиологическом конгрессе в Москве был создан Международный Комитет по номенклатуре вирусов. Это позволило значительно упорядочить классификацию и номенклатуру вирусов.

В 1973 году этот комитет получил название Международный Комитет по таксономии вирусов – МКТВ (International CommitteeonTaxonomyof Viruses– ICTV).

Данный комитет готовит и публикует доклады по усовершенствованной на данное время таксономии и номенклатуре вирусов[2].

В 1971 году американский биохимик, вирусолог, молекулярный биолог, лауреат Нобелевской премии Д. Балтимор предложил классифицировать вирусы на основе типа геномной нуклеиновой кислоты и способе ее репликации. Балтимор разделил вирусы на 7 групп:

  • I группа – вирусы с двуцепочечной (дц) ДНК, не имеющие РНК-стадии (герпесвирусы, проксивирусы);
  • II группа – вирусы с одноцепочечной (оц) ДНК (парвовирусы);
  • III группа – вирусы с двуцепочечной (дц) РНК (ротавирусы);
  • IV группа – вирусы с одноцепочечной (оц) плюс-РНК (пикорнавирусы, флавивирусы);
  • V группа – вирусы с одноцепочечной (оц) РНК негативной или двойной полярности (ортомиксовирусы, филовирусы);
  • VI группа – вирусы с одноцепочечной (оц) плюс-РНК, имеющие в процессе жизненного цикла стадию синтеза ДНК на матрице РНК (ретровирусы);
  • VII группа – вирусы с двуцепочечной (дц) ДНК, имеющие в процессе жизненного цикла стадию синтеза ДНК на матрице РНК (вирус гепатита В)[4].

Современная классификация вирусов объединяет классификацию ICTV и классификацию по Балтимору[4].

В настоящее время для распределения вирусов по таксонам используется множество характеристик, доступных для измерения: морфология, физические и физико-химические свойства вирионов, тип геномной нуклеиновой кислоты, размер генома, количество нитей нуклеиновой кислоты, свойство белков, липидов, углеводов, антигенные свойства вирусов, репликация генома, серологическое родство, круг хозяев, способ передачи, связь с переносчиками, географическое распространение, тканевый тропизм, патогенность, патология, цитология, гистология[4].

Вирусы отнесены к царству Vira. По типу нуклеиновой кислоты выделяют рибовирусы (РНК- вирусы) и дезоксирибовирусы (ДНК-вирусы)[5].

Предложены следующие таксоны (таксономические категории), по восходящей:

  1. Вид (Shtcies) вируса – это наиболее важная единица иерархии в системе классификации. Определение вида вируса принято в следующей формулировке: «Вирусный вид является политипической категорией (классом) вирусов, которая составляет реплицирующуюся линию и занимает особую экологическую нишу»[2].
  2. Род (Genus) вируса представляет собой группирование вирусов, имеющих общие характеристики и отличающиеся от вирусов – членов других родов. Род обозначается наименованием с суффиксом –virus[2].
  3. Подсемейство (Subfamilia) и семейство (Familia) – объединяют роды вирусов с общими характеристиками, но отличные от свойств вирусов других семейств. Для обозначения подсемейств используют суффикс –virinae,а для семейств –viridae[2].
  4. Отряд (порядок) (Order) – собрание семейств вирусов с общими характеристиками, отличающими их от прочих порядков и семейств. Порядок обозначается наименованием с суффиксом –virales[2].

Отмечается, что категории подсемейств и родов разработано не для всех вирусов, а для фитовирусов классификация поднимается выше рода и семейства в очень редких случаях[5].

МКТВ в большинстве случаев использует, в качестве международных, английские названия вирусов[2].

Классификация вирусов по ICTV от 2012 года включает 7 отрядов (порядков): Caudovirales, Herpesvirales, Ligamenvirales, Mononegavirales, Nidovirales, Picornavirales, Tymovirales. Предполагается существование восьмого порядка Megavirales[4].

Составитель: Григоровская П.И.

Страница внесена: 21.10.20 14:16

Систематика и номенклатура вирусов. Принципы современной классификации вирусов

Вирусы отнесены к царству Vira. В основу их классификации положен тип нуклеиново кислоты, образующей геном. Соответственно выделяют рибовирусы (РНК-вирусы) и дезоксирибовирусы (ДНК-вирусы). Для вирусов предложены следующие таксономические категории (по восходящей): Вид (Species) —> Род (Genus) —> Подсемейство (Subfamilia) —> Семейство (Familia).

Но категории подсемейств и родов разработаны не для всех вирусов. Видовые названия вирусов обычно связывают с вызываемыми ими заболеваниями (например, вирус бешенства) либо по названию места, где они были впервые выделены (например, вирусы Коксаки, вирус Эбола).

Если семейство включает большое количество видов, то видовые названия дают в соответствии с антигенной структурой и разделяют их на типы (например, аденовирус 32 типа или вирус герпеса 1 типа). Реже используют фамилии учёных, впервые их выделивших (например, вирус Эпстайна-Барр или вирус саркомы Рауса).

Иногда используют устаревшие названия групп вирусов, отражающих их уникальные эпидемиологические характеристики (например, арбовирусы).

В основу классификации вирусов положены следующие кате­гории:

  • • тип нуклеиновой кислоты (ДНК или РНК), ее структура, ко­личество нитей (одна или две), особенности воспроизводства вирусного генома;
  • • размер и морфология вирионов, количество капсомеров и тип симметрии;
  • • наличие суперкапсида;
  • • чувствительность к эфиру и дезоксихолату;
  • • место размножения в клетке;
  • • антигенные свойства и пр.

Вирусы имеют уникальный геном, так как содержат либо ДНК, либо РНК. Поэтому различают ДНК-содержащие и РНК-содержащие вирусы. Они обычно гаплоидны, т.е. име­ют один набор генов. Геном вирусов представлен различными видами нуклеиновых кислот: двунитчатыми, однонитчатыми, линейными, кольцевыми, фрагментированными.

Среди РНК- содержащих вирусов различают вирусы с положительным (плюс-нить РНК) геномом. Плюс-нить РНК этих вирусов выполняет наследственную функцию и функцию информационной РНК (иРНК). Имеются также РНК-содержащие вирусы с отрицатель­ным (минус-нить РНК) геномом. Минус-нить РНК этих виру­сов выполняет только наследственную функцию.

Вирусы— мельчайшие микробы, не имеющие клеточного строения, белоксинтезирующей системы, содержащие только ДНК или РНК. Относятся к царству Vira. Являясь облигатными внутриклеточными паразитами, вирусы размножаются в ци­топлазме или ядре клетки.

Они — автономные генетические структуры. Отличаются особым — разобщенным (дисъюнктивным) способом размножения (репродукции): в клетке от­дельно синтезируются нуклеиновые кислоты вирусов и их белки, затем происходит их сборка в вирусные частицы.

Сформированная вирусная частица называется вирионом.

Морфологию вирусов изучают с помощью электронной микроскопии, так как их размеры малы (18-400 нм) и срав­нимы с толщиной оболочки бактерий.

Форма вирионов может быть различной: палочковидной (вирус табачной мозаики), пулевидной (вирус бешенства), сферической (вирусы полио­миелита, ВИЧ), нитевидной (филовирусы), в виде спермато­зоида (многие бактериофаги). Различают просто устроенные и сложно устроенные вирусы.

Простые, или безоболочечные, вирусысостоят из нуклеиновой кисло­ты и белковой оболочки, называемой капсидом. Капсид состоит из повторяющихся морфологических субъединиц — капсомеров. Нуклеиновая кислота и капсид взаимодействуют друг с другом, образуя нуклеокапсид.

Сложные, или оболочечные, вирусыснаружи капсида окружены ли-попротеиновой оболочкой (суперкапсидом, или пеплосом). Эта оболоч­ка является производной структурой от мембран вирус-инфицированной клетки. На оболочке вируса расположены гликопротеиновые ши­пы, или шипики (пепломеры). Под оболочкой некоторых вирусов нахо­дится матриксный М-белок.

Читайте также:  Фитолакс - инструкция по применению, отзывы, аналоги и формы выпуска (таблетки, жидкий концентрат или раствор, чай, батончик, шоколад эвалар) лекарственного препарата для лечения запоров, похудения у взрослых, детей и при беременности

Тип симметрии. Капсид или нуклеокапсид могут иметь спираль­ный, икосаэдрический (кубический) или слож­ный тип симметрии.

Икосаэдрический тип сим­метрии обусловлен образованием изометричес­ки полого тела из капсида, содержащего вирус­ную нуклеиновую кислоту (например, у вирусов гепатита А, герпеса, полиомиелита).

Спираль­ный тип симметрии обусловлен винтообразной структурой нуклеокапсида (например, у вируса гриппа).

Классификация и номенклатура вирусов

Основы классификации. Современная классификация (таксономия) вирусов, созданная Международным комитетом по таксономии вирусов (МКТВ), является Международной универсальной системой, единой для всех вирусов позвоночных, беспозвоночных, растений, грибов и бактерий.

Она основана на фундаментальных свойствах вирусов, главными из которых являются признаки, характеризующие нуклеиновую кислоту, стратегию вирусного генома, а также морфологию нуклеокапсида и наличие или отсутствие липопротеидной оболочки.

Все вирусы независимо от круга естественных хозяев по фундаментальным признакам занимают в классификации следующие уровни (таксоны): порядок, семейство, подсемейство, род и вид.

Однако, согласно правилам МКТВ, обязательными среди них считаются таксоны: семейство, род и вид.

Основой классификации является вид вируса. Большинство видов группируются в роды, а большинство родов — в семейства. Виды, не отнесенные к роду, считаются не классифицированными внутри семейства.

Роды, не отнесенные к семейству, считаются не классифицированными, или «свободными». Некоторые семейства группируются вместе в порядок.

Подразделения на подсемейства проводятся только для решения сложных иерархических вопросов.

Ниже уровня вида существуют такие подразделения, как серотип, штамм, вариант, изолят.

Их классификацией занимаются международные группы специалистов, которые принимают решение об отнесении того или иного изолята или группы изолятов в отдельный вид.

Естественно возникающие изоляты, имеющие геном, рекомбинированный из штаммов разных видов, классифицируются как виды или подвидовые сущности. Искусственно созданные вирусы и вирусы-мутанты не включены в Международную классификацию.

Вироиды могут классифицироваться по тем же правилам, которые относятся и к вирусам.

Сателлиты, т. е. вирусы, реплицирующиеся только в присутствии вируса-помощника, и прионы не классифицируются как вирусы. Они имеют свою условную классификацию, удобную для специалистов, работающих с ними.

Характеристика таксономических уровней. Под видом понимают политетический класс вирусов, составляющих реплицирующую линию и занимающих определенную экологическую нишу.

Это означает, что члены вида имеют общее происхождение (предшественника), ряд общих признаков, среди которых нет единого определяющего, что объясняет их вариабельность внутри вида и схожую биотическую среду обитания.

В основе формирования вида лежат следующие критерии: феномены генетических взаимодействий; антигенные свойства; спектр естественных хозяев; клеточный тропизм; патогенность и цитопатология; пути передачи.

Род объединяет группу видов вирусов, имеющих определенные общие признаки. К ним относятся: морфология вирионов (в том числе размер, тип симметрии и число капсомеров); наличие липопротеидной оболочки; физико-химические свойства (в том числе чувствительность к растворителям, pH среды, температуре и т. д.).

Семейство объединяет группу родов, имеющих ряд наиболее постоянных общих признаков. К ним относятся: тип нуклеиновой кислоты (РНК или ДНК) и ее структура (количество цепей и их форма); стратегия вирусного генома (в том числе полярность и возможность обратной транскрипции для некоторых вирусов).

Современная классификация позволила объединить все известные вирусы (имеющие таксономический статус) в три порядка, объединяющих семейства вирусов по сходной организации генома и единой стратегии репликации, 56 семейств, 9 подсемейств, 233 рода и 1550 видов. Вирусы позвоночных входят в 28 семейств, из которых 10 ДНК-содержащие и 18 — РНК-содержащие, и в два «свободных» рода. Некоторые из этих семейств имеют в своем составе также вирусы беспозвоночных и растений.

Международный комитет по таксономии вирусов — International Committee on Taxonomy of Viruses

В Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) разрешает и организует таксономический классификация и номенклатура вирусы.

[1][2][3] ICTV разработала универсальную таксономическую схему вирусов и, таким образом, имеет средства для надлежащего описания, наименования и классификации каждого вируса, поражающего живые организмы. Члены Международного комитета по таксономии вирусов считаются экспертами. вирусологи.

[4] ICTV был сформирован и управляется Отделом вирусологии Международный союз микробиологических обществ.[5] Детальная работа, такая как определение границ видов внутри семейства, обычно выполняется исследовательскими группами экспертов по семействам.[2]

История

Международная классификация вирусов — это группа, созданная в 1966 году для стандартизации именования вирусов. Группа была переименована в Международный комитет по таксономии вирусов в 1975 году.[нужна цитата]

В 1971 году классификация ICTV для вирусов, заражающих позвоночные включали 19 родов, 2 семейства и еще 24 неклассифицированные группы.

Организационная структура

Организация разделена на исполнительный комитет, который включает в себя избранные роли с фиксированным сроком, и шесть подкомитетов, каждый из которых далее делится на многочисленные «исследовательские группы», каждая из которых состоит из одного председателя и переменного числа членов, посвященных таксономии. определенного таксона, например отряда или семейства. Эту структуру можно визуализировать следующим образом:[6]

Исполнительный комитет

  • Президент
  • Вице-президент
  • Секретари
  • Бизнес-секретарь
  • Секретарь по предложениям
  • Секретарь данных
  • Председатели — должности: 6 (по одному на каждый подкомитет)
  • Избранные члены — позиций: 8

Подкомитеты

  • Подкомитет по вирусам ДНК и ретровирусам животных — исследовательские группы: 18
  • Подкомитет по дцРНК и оцРНК-вирусов животных — исследовательские группы: 22
  • Подкомитет по ssRNA + Viruses — исследовательские группы: 15
  • Подкомитет по бактериальным и архейным вирусам — исследовательские группы: 19
  • Подкомитет по грибковым и протистским вирусам — исследовательские группы: 11
  • Подкомитет по вирусам растений — исследовательские группы: 22

Цели

Задачи Международного комитета по таксономии вирусов:

  1. Разработать международно согласованную таксономию вирусов.
  2. Установить согласованные на международном уровне названия для вирусных таксонов.
  3. Сообщать вирусологам о принятых решениях относительно классификации и номенклатуры вирусов путем проведения встреч и публикации отчетов.
  4. Поддерживать официальный указатель согласованных названий таксонов вирусов.
  5. Изучить влияние вирусов в современном обществе и их поведение.

Принципы номенклатуры

Основные принципы номенклатуры вирусов ICTV:

  • Стабильность
  • Избегать или отклонять использование имен, которые могут вызвать ошибку или путаницу
  • Чтобы избежать ненужного создания имен

Универсальная система классификации вирусов ICTV использует слегка измененную версию стандарта. биологическая классификация система. Он только признает таксоны отряд, семейство, подсемейство, род и вид. Когда неясно, как отнести вид к роду, но его классификация в семействе ясна, он будет классифицирован как не присвоенный вид этого семейства. Многие таксоны остаются без ранга.

Также, по состоянию на 2005 год, GenBank последовательности, относящиеся к 3142 «видам», которые не учтены в отчете ICTV (однако из-за особенностей работы GenBank фактическое количество соответствующих видов, вероятно, значительно меньше).

[2] Ожидается, что количество неидентифицированных вирусных последовательностей только увеличится, поскольку скорость секвенирования вируса резко возрастет.[2]

ICTV добился поразительных успехов в достижении стабильности с момента их создания в 1962 году. Например, все роды и семейства, признанные в 1980-х годах, продолжали использоваться с 2005 года.[2]

Название и изменение таксонов

Предложения по новым названиям, изменениям названий, а также по установлению и таксономическому размещению таксонов рассматриваются Исполнительным комитетом ICTV в форме предложений. Перед принятием решения со всеми соответствующими подкомитетами и исследовательскими группами ICTV проводятся консультации.

Имя таксон не имеет официального статуса до тех пор, пока не будет одобрено ICTV, и названия будут приняты только в том случае, если они связаны с утвержденными иерархическими таксонами.

Если для таксона не предложено подходящего названия, он может быть одобрен, а название не определено до тех пор, пока не будет принято приемлемое международное название, когда оно будет предложено и принято ICTV.

Названия не должны передавать значение таксона, которое, казалось бы, либо исключает вирусы, которые по праву являются членами этого таксона, исключает членов, которые однажды могут принадлежать этому таксону, либо включает вирусы, которые являются членами разных таксонов.

Правила для таксонов

Разновидность

Название вида должно состоять из как можно меньшего числа слов, но не должно состоять только из названия хозяина и слова вирус. Название вида должно обеспечивать соответствующую однозначную идентификацию вида.

Цифры, буквы или их комбинации могут использоваться как виды. эпитеты где такие цифры и буквы уже широко используются. Однако новые обозначенные серийные номера, буквы или их комбинации не приемлемы сами по себе в качестве видовых эпитетов.

Если существует серия цифр или букв, она может быть продолжена.

Роды

Род вирусов — это группа родственных видов, которые обладают некоторыми важными свойствами и часто отличаются только диапазоном хозяев и вирулентностью. Название рода должно состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс —вирус. Утверждение нового рода должно сопровождаться утверждением типовой вид.

Подсемейства

Подсемейство — это группа родов, обладающих определенными общими признаками. Таксон следует использовать только тогда, когда это необходимо для решения сложной иерархической задачи. Название подсемейства должно состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс —вирины.

Семьи

Семья — это группа родов, независимо от того, организованы ли они в подсемейства или нет, разделяя определенные общие признаки друг с другом. Фамилия должна состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс —viridae.

Читайте также:  АЦЦ порошок или гранулы для приготовления сиропа 100 мг, шипучие таблетки 100 мг, 200 мг, 600 мг лонг - инструкция по применению,

Заказы

Орден — это группа семей с определенными общими персонажами. Название заказа должно состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс —virales.

Правила для субвирусных агентов

Правила, касающиеся классификации вирусов, также применяются к классификации вироиды. Формальным окончанием таксонов вироидов является слово вироид для видов суффикс -вироид для родов суффикс -viroinae для подсемейств, если этот таксон потребуется, и -viroidae для семей.

Ретротранспозоны считаются вирусами по классификации и номенклатуре. Спутники и прионы не классифицируются как вирусы, но им присваивается произвольная классификация, которая кажется полезной для сотрудников в определенных областях.

Правила орфографии

  1. При формальном таксономическом использовании общепринятые названия порядков, семейств, подсемейств и родов вирусов выделяются курсивом, а первые буквы имен пишутся с большой буквы.

    [7]

  2. Названия видов напечатаны курсивом, первая буква первого слова написана с большой буквы. Другие слова не пишутся с заглавной буквы, если они не являются собственными существительными или частями собственных существительных.

  3. В формальном использовании название таксона должно предшествовать термину таксономической единицы.

Признавая важность вирусной метагеномики, ICTV признает, что геномы, собранные на основе метагеномных данных, представляют собой настоящие вирусы, и поощряет их официальную классификацию в соответствии с теми же процедурами, что и для вирусов, выделенных и охарактеризованных с использованием классических вирусологических подходов.[8][9]

Отчеты ICTV

ICTV публикует отчеты по таксономии вирусов примерно два раза в десятилетие с 1971 года (перечисленные ниже — «Отчеты»). Девятый отчет ICTV был опубликован в декабре 2011 года;[10] контент теперь находится в свободном доступе на веб-сайте ICTV.

[11] С 2017 года десятый отчет ICTV будет публиковаться онлайн на сайте ICTV.[12] и будет иметь свободный доступ к отдельным главам, обновляемым на постоянной основе. Таксономия 2018 доступна в Интернете.

[13], включая загружаемую электронную таблицу Excel всех признанных видов.

База данных ICTVdb

ICTVdb — это база данных видов и изолятов, предназначенная для использования в качестве дополнения к базе данных таксономии ICTV.

Разработка ICTVdB поддерживается ICTV с 1991 года и изначально предназначалась для помощи таксономическим исследованиям.

База данных классифицирует вирусы, прежде всего, по их химическим характеристикам, геномный тип, нуклеиновая кислота репликация, болезни, векторов, и географическое распространение, среди других характеристик.

База данных разработана в Австралийский национальный университет при поддержке США Национальный фонд науки, и спонсируется Коллекция американских типовых культур. Он использует Язык описания таксономии (ДЕЛЬТА), мировой стандарт обмена таксономическими данными, разработанный в Австралии Организация Содружества научных и промышленных исследований (CSIRO).

DELTA может хранить самые разные данные и переводить их на язык, подходящий для традиционных отчетов и веб-публикаций. Например, ICTVdB сам по себе не содержит информации о геномной последовательности, но может преобразовывать данные DELTA в формат NEXUS.

[14] Он также может обрабатывать большие входные данные и подходит для составления длинных списков свойств вирусов, текстовых комментариев и изображений.

ICTVdB расширилась по концепции и возможностям, чтобы стать основным справочным ресурсом и инструментом исследования; в 1999 г. он получал более 30 000 совокупных онлайн-посещений в день со своего основного сайта в Австралийском национальном университете и двух зеркальных сайтов, базирующихся в Великобритании и США.[15]

В 2011 году ICTV решило приостановить проект и веб-сайт ICTVdb.

Это решение было принято после того, как стало очевидно, что таксономия, представленная на сайте, на много лет устарела и что некоторая информация на сайте была неточной из-за проблем с тем, как база данных запрашивалась и обрабатывалась для поддержки естественного языка. вывод веб-сайта ICTVdb.

ICTV начала обсуждение того, как лучше всего решить эти проблемы, но решила, что сроки для обновлений и исправления ошибок были достаточно длинными, и лучше было бы остановить сайт, а не увековечивать выпуск неточной информации.[нужна цитата] По состоянию на август 2013 года база данных приостановлена.

[3] Согласно некоторым мнениям, «ICTV следует также продвигать использование общедоступной базы данных для замены базы данных ICTV в качестве хранилища первичных метаданных отдельных вирусов и следует публиковать выдержки из отчетов ICTV в этой базе данных, чтобы они были« открытыми ». Доступ'.»[3]

Смотрите также

  • Портал вирусов
  • Глоссарий научного нейминга
  • Классификация вирусов
  • Биоинформатика

Отчеты

  • Вирусы, Международный комитет по номенклатуре; Уайлди, Питер (1971). Классификация и номенклатура вирусов. 1-й отчет. Из печати
  • Вирусы, Международный комитет по таксономии; Феннер, Франк (1976). Классификация и номенклатура вирусов. 2-й отчет. ISBN 978-3805524186.
  • Вирусы, Международный комитет по таксономии; Мэтьюз, Ричард Эллис Форд; Секция вирусологии, Международная ассоциация микробиологических обществ (1979). Классификация и номенклатура вирусов. 3-й отчет. ISBN 978-3805505239.
  • Эллис, Ричард; Мэтьюз, Форд, ред. (1982). Классификация и номенклатура вирусов. 4-й отчет. Каргер. п. 199. ISBN 9783805535571.
  • Вирусы, Международный комитет по таксономии; Франки, Р. И. Б (1991). Классификация и номенклатура вирусов. 5-й отчет. ISBN 978-3211822869.
  • Мерфи, Фредерик А (1995). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов. 6-й отчет. ISBN 978-3211825945.
  • Вирусы, Международный комитет по таксономии; Ван Регенмортель, М. Х. В.; Fauquet, C.M; Бишоп, Д. Х. Л. (2000). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов. 7-й отчет. ISBN 978-0123702005.
  • Fauquet, C.M., ed. (2005). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов. 8-й отчет. Elsevier / Academic Press. ISBN 978-0080575483.
  • Кинг, Эндрю М. К .; Лефковиц, Эллиот; Адамс, Майкл Дж .; и др., ред. (2011). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов. 9-й отчет. Elsevier / Academic Press. п. 1338. ISBN 9780123846846. Также доступно в Интернете.[11]
  • Отчет ICTV 10 (онлайн)[12]

Рекомендации

  1. ^ Кинг, Эндрю М.К .; Lefkowitz, E .; Adams, M.J .; Карстенс, Э. (2012). Классификация таксономии вирусов и номенклатура вирусов: девятый доклад Международного комитета по таксономии вирусов. Эльзевир. ISBN 978-0-12-384684-6. В архиве с оригинала 10 декабря 2017 г.. Получено 13 апреля 2017.

  2. ^ а б c d е Фоке CM, Фаржетт Д. (2005). «Международный комитет по таксономии вирусов и 3 142 неназначенных видов». Virol. J. 2: 64. Дои:10.1186 / 1743-422X-2-64. ЧВК 1208960. PMID 16105179.
  3. ^ а б c Гиббс AJ (2013).

    «Вирусная таксономия нуждается в весенней чистке; эпоха ее исследований закончилась». Virol. J. 10: 254. Дои:10.1186 / 1743-422X-10-254. ЧВК 3751428. PMID 23938184.

  4. ^ «Разнообразные банковские данные — истоки ICTVdB». 13 ноября 2005 г. Архивировано с оригинал 13 ноября 2005 г.. Получено 6 апреля 2018.
  5. ^ «Архивная копия».

    Архивировано из оригинал 30 сентября 2007 г.. Получено 22 июн 2006.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)

  6. ^ «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)». talk.ictvonline.org. Получено 17 сентября 2020.
  7. ^ Али, Мухаммед (2016). «На пути к согласованной номенклатуре вирусов растений». Virologica Sinica.

    31 (3): 197–198. Дои:10.1007 / с12250-016-3741-5. PMID 27052507.

  8. ^ Симмондс П., Адамс М.Дж., Бенко М., Breitbart M, Brister JR, Carstens EB, Davison AJ, Delwart E, Gorbalenya AE, Harrach B, Hull R, King AMQ, Koonin EV, Krupovic M, Kuhn JH, Lefkowitz EJ, Nibert ML, Orton R, Roossinck MJ, Sabanadzovic S, Sullivan МБ, Саттл Калифорния, Теш РБ, ван дер Влугт Р.А.

    , Варсани А., Зербини FM (2017). «Заявление о консенсусе: таксономия вирусов в эпоху метагеномики» (PDF). Обзоры природы Микробиология. 15 (3): 161–168. Дои:10.1038 / nrmicro.2016.177. PMID 28134265. В архиве (PDF) из оригинала 23 июля 2018 г.. Получено 18 октября 2019.

  9. ^ Адамс MJ, Лефковиц EJ, King AM, Harrach B, Harrison RL, Knowles NJ, Kropinski AM, Krupovic M, Kuhn JH, Mushegian AR, Nibert ML, Sabanadzovic S. , Ортон Р.Дж., Смит Д.Б., Горбаленя А.Е., Дэвисон А.Дж. (2017). «50 лет Международному комитету по таксономии вирусов: успехи и перспективы» (PDF). Архив вирусологии. 162 (5): 1441–1446. Дои:10.

    1007 / s00705-016-3215-y. PMID 28078475. В архиве (PDF) из оригинала 23 июля 2018 г.. Получено 17 сентября 2019.

  10. ^ Кинг, Эндрю М. К .; и др., ред. (2012). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов: девятый доклад Международного комитета по таксономии вирусов. Лондон: Academic Press. ISBN 978-0123846846. В архиве из оригинала 11 сентября 2014 г..

    Получено 9 декабря 2014.CS1 maint: ref = harv (связь)

  11. ^ а б «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)». talk.ictvonline.org. В архиве из оригинала 2 апреля 2019 г.. Получено 18 октября 2019.
  12. ^ а б «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)». talk.ictvonline.org.

    В архиве с оригинала на 1 июля 2019 г.. Получено 18 октября 2019.

  13. ^ «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)». talk.ictvonline.org. В архиве из оригинала 4 марта 2018 г.. Получено 18 октября 2019.
  14. ^ Мэддисон Д.Р., Суоффорд Д.Л., Мэддисон В.П. (декабрь 1997 г.). «NEXUS: расширяемый формат файлов для систематической информации».

    Syst. Биол. 46 (4): 590–621. Дои:10.1093 / sysbio / 46.4.590. PMID 11975335.

  15. ^ «Разнообразные банковские данные — истоки ICTVdB». 13 ноября 2005 г. Архивировано с оригинал 13 ноября 2005 г.. Получено 18 октября 2019.

внешняя ссылка

Ссылка на основную публикацию
Adblock
detector